El llarg procés per al reconeixement de la nostra comarca arrenca ja de la primera Divisió Territorial de Catalunya, promulgada el 27 d’agost de 1936, que no incloïa la comarca de Banyoles, i que per raons tristament conegudes no va tenir mai una aplicació pràctica.
A partir d’aquest moment, i en diverses ocasions al llarg d’aquests últims 50 anys, grups i persones, de forma individual, van treballar amb constància per reivindicar aquesta vella aspiració: el reconeixement propi, diferenciat de les altres comarques veïnes, de les terres d’aquesta petita comarca formada per 11 municipis.
El precedent que existia de funcionament positiu de la Mancomunitat Intermunicipal de l’Estany, des de l’any 1981, va ser una bona experiència en la gestió mancomunada de serveis i d’unitat territorial.
Finalment, la publicació, en el DOGC del 16 de maig de 1988, de la Llei 5/1988 aprovada pel Parlament de Catalunya, per la qual es creaven tres noves comarques, entre les quals hi havia el Pla de l’Estany, va reconèixer aquesta realitat territorial.
La constitució del Consell Comarcal, l’òrgan polític comarcal, va tenir lloc el 27 de juliol d’aquell mateix any, amb la designació de 19 consellers comarcals, escollits d’acord amb els resultats electorals de les eleccions municipals del juny de 1987. El primer president va ser l’Anton Prat Daranas, en representació del grup polític Convergència i Unió.
El Consell Comarcal, a través dels seus òrgans de govern i les diferents àrees, presta els serveis que li són delegats o transferits des de la Generalitat.